Región de Emergencia Sanitaria y Ambiental (RESA) Cuenca del alto Santiago (Poncitlán, Juanacatlán, El Salto, Tlajomulco, etc.)

El río Santiago durante décadas recibió las aguas extremadamente contaminadas del río Lerma y el Lago de Chapala, si bien ha dejado de fluir el agua de Chapala al río Santiago. En un cauce que fluye con mucho menor cantidad de agua siguen siendo vertidos todo tipo de  residuos  procedentes  de  los  grandes  corredores  industriales  de  Guadalajara  y  las regiones  de  El  Salto  y  Tlajomulco  (industria  automotriz,  química,  agroquímica,  maquila, alimentos, etc.), así como los desechos metabólicos de la ciudad de Guadalajara (basura municipal,  incineración  de  basura,  aguas  negras  en  la  presa  de  El  Ahogado).  El  Salto concentra adicionalmente infraestructuras claves como la TAD de PEMEX y el centro penal de  Puente  Grande,  mientras  el  alto  río  Santiago  también  recibe  las  descargas  de  las haciendas tequileras del tributario río Zula. Todo lo cual ha convertido al alto río Santiago en uno  de  los  peores  sumideros  de  descargas  tóxicas  del  país.